該系統充分利用互聯網技術對各農產品(食品)質量安全檢測站(點)的檢測數據進行網絡化集中處理。即各農產品(食品)質量安全檢測點通過互聯網方式向監控信息系統傳輸各項檢測數據(包括：農藥殘留、甲醛和亞硝酸鹽殘留、肉類水分含量等)，而系統則根據各檢測點上傳來的數據自動進行實時動態的匯總、統計、分類、查詢等處理，并自動生成各種格式的統計圖表。主管部門則只需通過特定的用戶名和密碼登錄到系統，按照相應的權限即可瀏覽到相關數據信息。

該系統以二維碼或條形碼為載體，構建農產品質量安全追溯系統。通過在生產基地應用便攜式農事信息采集系統，實現生產履歷信息的快速采集與實時上傳；通過在生產企業應用農產品安全生產管理系統，實現有機生產的產前提示、產中預警和產后檢測；通過將各生產企業數據匯集到園區管理部門，構建追溯平臺數據庫，實現上網、二維條碼掃描、短信和觸摸屏等方式的追溯，從而保障農產品質量。